Amasya Genelgesi’nde kararlaştırıldığı gibi kongre, 4 Eylül’de toplanmıştır. İstanbul Hükümeti ve işgal güçlerinin engellemeleri nedeniyle katılım oldukça az kalmıştır. 38 delegekatılmıştır.
Gündeme geçilmeden önce yemin konusu tartışma konusu olmuştur. Sonuç olarak; “Yurdun ve ulusun kurtuluşu ve mutluluğundan başka hiçbir kişisel amaç izlemeyeceğime, İttihat ve Terakki Cemiyeti’nin yeniden canlandırılmasına çalışmayacağıma ve var olan siyasal partilerden hiçbirini siyasal emellerine hizmet etmeyeceğime …” şeklinde bir yemin metni kabul edilmiştir. Ayrıca padişaha bağlılık telgrafı çekilmiştir.
En çok uğraşılan konu Amerikan Mandası olmuştur. Manda yanlısı bazı üyeler onun kongreye başkan olmamasını istemişlerdir.
-ErzurumKongresi’nde alınan kararlar aynen kabul edilmiştir.
-Bütün milli cemiyetler “Anadolu ve Rumeli Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti” altında birleştirilmiştir.
-Manda ve himaye kesin olarak reddedilmiştir. Tam bağımsızlık düşüncesi kesinleşmiştir.
-Erzurum Kongresi’nde seçilen 9 kişilik temsil heyetine 6 ilave yapılarak 15 kişiye çıkartılmıştır.
-Meclis-i Mebusan ın derhal toplanması istenmiştir.
-Herhangi bir bölgesinin işgali İstanbul Hükümeti’nce ihmal edilirse geçici bir hükümet kurulacak ve millet adına idareyi ele alacaktır.
-Misak-ı Milli sınırları belirlenmiş ve kabul edilmiştir.
-Sivas Kongresi’nde seçilen temsil heyeti, batı Anadolu Kuvay-ı Milliye komutanlığına Ali Fuat Paşa’yı tayin etmiştir. Böylece temsil heyeti ilk kez yürütme gücünü kullanmıştır.
Temsil Heyeti’nin çalışmalarını halka duyurmak ve Ulusal mücadele aleyhine yapılan propagandaları etkisiz hale getirmek amacıyla 14 Eylül 1919 da İrade-i Milliye adında bir gazete çıkarılmıştır.